II wojna światowa Po wybuchu wojny, działał początkowo w instytucjach opieki społecznej. W 1941 objął urząd dyrektora Departamentu Pracy i Opieki Społecznej Delegatury Rządu RP na Kraj. Pod koniec 1942 został zastępcą Delegata Rządu RP na Kraj, a następnie sam objął tę funkcję w kwietniu 1943 po aresztowaniu Jana Piekałkiewicza. Jankowski był przeciwnikiem jakichkolwiek porozumień z Polską Partią Robotniczą. Pod koniec lipca 1944 został wicepremierem, kierującym Krajową Radą Ministrów. Zatwierdził decyzję rozpoczęcia powstania w Warszawie.
mały|Tablica w domniemanym miejscu pochówku Jana Jankowskiego w Rosji we Włodzimierzu na Klaźmą Po upadku powstania warszawskiego przeszedł na fałszywych dokumentach przez obóz przejściowy w Pruszkowie, skąd został zwolniony ze względu na wiekDavies N., Powstanie ’44, Kraków 2004, s. 570..
27 marca 1945 r. udał się wraz z m.in. ostatnim komendantem Armii Krajowej gen. Leopoldem Okulickim i przewodniczącym Rady Jedności Narodowej Kazimierzem Pużakiem na rozmowy z przedstawicielami władz sowieckich. Został aresztowany przez NKWD, przewieziony samolotem do Moskwy i umieszczony w więzieniu na Łubiance. W tzw.