We wrześniu 1939 walczył z Niemcami na Suwalszczyźnie w składzie SGO „Narew”. 13 września 3 pułk KOP został przesunięty w rejon Równego i Kostopola na Wołyniu. W dniach 21–22 września Jakubowski brał udział w walkach z Armią Czerwoną w rejonie wsi Borowicze. Następnego dnia w rejonie wsi Radoszyn jego pułk skapitulował po walce z oddziałami sowieckimi a on sam dostał się do niewoli. Po wzięciu do niewoli osadzono go w obozie NKWD w Kozielsku. Według stanu na grudzień 1939 był jeńcem obozu kozielskiego. Między 15 a 17 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa nr 032/1 z 14.04.1940 roku, pozycja 56. Został zamordowany między 16 a 19 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 24.05.1943. Figuruje na liście AM-243-2904 i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 02904. Przy szczątkach znaleziono: zaświadczenie ze szpitala polowego, świadectwo szczepień obozowych, medalik z łańcuszkiem, modlitewnik. Nazwisko Jakubowskiego znajduje się na liście ofiar (pod nr 2904) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 153 i w Nowym Kurierze Warszawskim nr 156 z 1943 (pod nr 02904). Krewni do 1947 poszukiwali informacji przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie.