Elizabeth stale pomagała swojemu mężowi przez całą jego polityczną karierę, służąc jako pośrednik między nim a wydawcą podczas pisania przez Alexandra „Federalisty”, kopiując części jego argumentacji wobec utworzenia Pierwszego Banku Stanów Zjednoczonych, czy też siedząc z nim, aby mógł czytać jej na głos „Adres pożegnalny George’a Washingtona”, gdy go pisał. W międzyczasie zajmowała się wychowywaniem dzieci (piąte z nich, John Church Hamilton, urodziło się w sierpniu 1792 roku) i doglądała ich siedzib poprzez stałe przeprowadzki między Nowym Jorkiem, Filadelfią oraz Albany. Przebywając w Filadelfii, w okolicach 24 listopada 1794 roku, Elizabeth poroniła. W tym czasie jej najmłodsze dziecko było ciężko chore, a ona sama przeżywała nadmierny stres, martwiąc się o swojego męża, gdy ten wyruszył z armią aby spacyfikować Whiskey Rebellion. Hamilton wówczas natychmiast zrezygnował ze swojego stanowiska Sekretarza Skarbu, aby pracować jako prawnik w Nowym Jorku i być bliżej swojej rodziny.