W lipcu 1804 roku Alexander Hamilton wdał się w publiczną dysputę z trzecim wiceprezydentem Stanów Zjednoczonych, Aaronem Burrem, co ostatecznie doprowadziło do słynnego pojedynku Burr–Hamilton, który zakończył się śmiercią małżonka Elizabeth. Alexander Hamilton zmarł 12 lipca 1804 roku, ze swoją żoną i dziećmi obok niego. thumb|Eliza w wieku 94 lat
Późniejsze życie Rok przed śmiertelnym dla Alexandra pojedynkiem niespodziewanie zmarła matka Elizy, Catherine Schuyler, a zaledwie kilka miesięcy po nim zmarł też jej ojciec, Philip Schuyler. W tym czasie zmarła także dwójka jej rodzeństwa: Peggy i John.
Po śmierci męża w 1804 Eliza musiała sama spłacić długi Hamiltonów. Ich dom, nazywany „The Grange”, który stanowiła 35-akrowa posiadłość na górnym Manhattanie, został sprzedany na publicznej aukcji, jednakże później była ona go w stanie odkupić za pół ceny. W listopadzie 1833 roku, w wieku 76 lat, Eliza ostatecznie sprzedała ten dom za 25 tysięcy dolarów, sama zakupując , gdzie mieszkała przez dziewięć lat z dwójką swoich dorosłych dzieci, Alexandrem Hamiltonem Jr. i Elizą Hamilton-Holly, oraz ich małżonkami. W 1848 roku opuściła Nowy Jork, aby przenieść się do Waszyngtonu, gdzie mieszkała ze swoją owdowiałą córką Elizą do 1854 roku.