Eliza podtrzymywała pamięć o swoim mężu. Uporządkowała wszystkie jego listy i pisma z pomocą syna Johna Churcha Hamiltona; wiele z nich się zachowało dzięki publikacji biografii Alexandra Hamiltona autorstwa Johna Churcha. Była tak wierna pismom Alexandra, że wokół swojej szyi nosiła mały pakunek, zawierający fragmenty sonetu, który napisał dla niej Hamilton we wczesnym okresie ich zalotów. Mając już ponad dziewięćdziesiąt lat, stale była oddana działalności charytatywnej. Po przeprowadzce do Waszyngtonu pomagała Dolley Madison zbierać środki finansowe w celu budowy pomnika Waszyngtona.
Zmarła 9 listopada 1854 roku w wieku 97 lat. Przeżyła swojego męża o pięćdziesiąt lat i całe swoje rodzeństwo, z wyjątkiem jednej siostry, Catherine, młodszej od Elizy o dwadzieścia cztery lata. Została pochowana na cmentarzu obok kościoła św. Trójcy w Nowym Jorku.