Starał się jednocześnie żeby przyjęto go do czynnej służby wojskowej.
Został przeniesiony do korpusu oficerów służby zdrowia z jednoczesnym powołaniem do służby czynnej z dniem 14 lipca 1938 i mianowaniem go lekarzem 18 pułku piechoty. Po kilku miesiącach w 26 pułku artylerii lekkiej został starszym lekarzem pułku. Dowódca plutonu przeciwgazowego w kompanii sanitarnej nr 403 podczas mobilizacji marcowej 1939, która funkcjonowała w składzie 26 Dywizji Piechoty. Z kompanią brał udział w kampanii wrześniowej. 19 września 1939 w Puszczy Kampinoskiej dostał się do niewoli w której przebywał w obozie przejściowym w Łodzi, a z którego został zwolniony 1 grudnia 1939 i wrócił do Warszawy.
Od 1 czerwca 1940 rozpoczął pracę w Miejskim Instytucie Higieny na stanowisku bakteriologa, a od lipca zaczął działać w ZWZ-AK. Pod pseudonimem „Pobożański” był lekarzem Kedywu Komendy Głównej AK. Awansował do stopnia kapitana lekarza w lipcu 1944. Walcząc w powstaniu warszawskim wykonywał pracę lekarza na Woli. Po upadku stolicy Chomiczewski wyjechał do Kielc, w których był w PCK lekarzem.