Niższe ligi niemieckie W 2010, a więc po blisko roku przerwy Kosta Runjaić został zatrudniony przez SV Darmstadt 98, drużyny z Regionalligi, czyli czwartego poziomu rozgrywkowego. Już w kolejnym sezonie z zespołem, który w poprzednim sezonie ledwo się utrzymał, on awansował do 3. Ligi zajmując pierwsze miejsce w tabeli. Po tym sukcesie, w sezonie 2011/2012 Darmstadt znów mogło cieszyć się z utrzymania, ale tym razem w trzeciej lidze. To właśnie osiągnięcia Runjaica przyczyniły się do wędrówki zespołu z Hesji aż do 1. Bundesligi.
Po kilku kolejkach sezonu 2012/2013 został wykupiony przez MSV Duisburg z 2. Bundesligi za około 100 tysięcy euro. Wraz z drużyną udało mu się osiągnąć 11 miejsce w lidze i utrzymanie, ale przez chaos organizacyjny w klubie, zespół został zdegradowany do 3. Ligi, a Runjaić zdecydował się rozstać z popularnymi Zebrami.
Bez klubu pozostawał do 16 września 2013. Wtedy to w 8. kolejce sezonu 13/14 zastąpił na stanowisku pierwszego szkoleniowca 1. FC Kaiserslautern Franco Fodę.