W lipcu 2009 Pratto powrócił do Boca, gdzie jednak przez kolejne pół roku był tylko głębokim rezerwowym w taktyce trenera Alfio Basile. Wobec tego udał się na wypożyczenie do drugoligowego Unión de Santa Fe, gdzie spędził sześć miesięcy w roli kluczowego zawodnika drużyny. W czerwcu 2010 został wypożyczony po raz kolejny – tym razem do chilijskiego zespołu CD Universidad Católica z siedzibą w stołecznym Santiago, w ramach rozliczenia za transfer Gary’ego Medela. W chilijskiej Primera División zadebiutował 24 lipca 2010 w zremisowanym 1:1 pojedynku z Evertonem i zdobył w nim również pierwszą bramkę w nowej ekipie. W sezonie 2010 zdobył z drużyną prowadzoną przez Juana Antonio Pizziego mistrzostwo Chile, zaś pół roku później – w wiosennych rozgrywkach Apertura 2011 – wywalczył tytuł wicemistrza Chile. Notował również świetne występy w Copa Libertadores; został wicekrólem strzelców tych rozgrywek (z sześcioma golami na koncie), a w oficjalnym głosowaniu chilijskiego związku piłkarzy (SIFUP) został wybrany najlepszym obcokrajowcem ligi chilijskiej.