Po zakończeniu procesu zwolniono go z aresztu (gdzie spędził 3 lata) i orzeczono jedynie trwałe odsunięcie od funkcji inkwizytora. Co więcej, część prześladowanych przez niego ludzi w kolejnych latach została ponownie skazana przez inkwizycjęCuadro Garcia, DSI, s. 414-415; Lea, I, s. 189-211..
W latach 1526–1533 doszło do ostatecznego ustalenia granic okręgu podległego trybunałowi w Kordobie. W wyniku rozwiązania trybunału z Jaen w 1526, terytorium mu podległe podzielono między trybunał kordobański oraz nowo utworzony trybunał z Grenady. W 1533 doszło do doprecyzowania granicy z okręgiem trybunału z MurcjiCuadro Garcia, DSI, s. 414..
Ze względu na brak oryginalnej dokumentacji nie sposób precyzyjnie ustalić zasięgu i skali akcji represyjnych inkwizycji w Kordobie przez następne pół wieku po odwołaniu inkwizytora Lucero. W drugiej połowie XVI wieku głównym celem inkwizytorów stali się moryskowie, czyli Hiszpanie pochodzenia arabskiego, tradycyjnie wyznający islam, którzy w latach 1502 i 1526 poddawani byli masowym, przymusowym chrztom. Jednakże jeszcze pod koniec tego samego stulecia inkwizycja ponownie zwróciła się przeciwko domniemanym potajemnym wyznawcom judaizmu.