W 1499 inkwizytorem Kordoby został Diego Rodríguez Lucero, który wszczął zakrojone na dużą skalę śledztwo w sprawie tajnych synagog, jakie miały rzekomo funkcjonować w środowisku kordobańskich marranów. Jego działalność wzbudzała poważne kontrowersje, zarzucano mu okrucieństwo, korzystanie z usług fałszywych świadków i fabrykowanie dowodów przeciwko oskarżonym. Z jego wyroku spalono w Kordobie ponad 200 osób, w tym należących do czołowych rodów miejskich, a wiele innych znalazło się w więzieniach. Był jednak protegowanym wielkiego inkwizytora Kastylii Diego Dezy, co powodowało, że przez długi czas pozostawał nietykalny, mimo narastających skarg. W końcu poczuł się na tyle pewnie, że oskarżył o kryptojudaizm powszechnie szanowanego arcybiskupa Grenady Hernando de Talaverę. Wówczas jednak interweniował król Ferdynand. Powołana przez niego komisja oczyściła sędziwego Talaverę z zarzutów, potwierdziła natomiast zasadność skarg kierowanych przeciwko Lucero. W rezultacie doszło do dymisji zarówno wielkiego inkwizytora Diego Dezy (1507), jak i samego Lucero (1508), oraz zrehabilitowania części skazanych przez niego osób. Lucero został aresztowany i na polecenie nowego wielkiego inkwizytora Francisco Jimenez de Cisnerosa wytoczono mu proces, ale ostatecznie uniknął poważniejszej kary za swe nadużycia.