W powołanym w styczniu 2016 r. rządzie Pavla Filipa zarówno sam premier, jak i inni politycy na kluczowych stanowiskach, byli związani z klanem Plahotniuka. Przed nominowaniem Filipa na premiera Plahotniuc sam czynił starania, by stanąć na czele rządu, jednak jego kandydatury nie zaaprobował prezydent Nicolae Timofti. Blisko związany z Plahotniukiem był również przewodniczący parlamentu Mołdawii w latach 2015-2019, Andrian Candu.
6 grudnia 2017 r. sąd dla rejonu Basmannego Moskwy wydał zaoczne postanowienie o aresztowaniu Plahotniuka. Rosyjski Komitet Śledczy podejrzewa Plahotniuka o próbę zabójstwa.
W wyborach parlamentarnych w Mołdawii w lutym 2019 r. Vladimir Plahotniuc zdobył mandat deputowanego w okręgu jednomandatowym nr 17 w Nisporeni. W czerwcu tego samego roku opuścił Mołdawię po tym, gdy z poparciem Stanów Zjednoczonych, Rosji i Unii Europejskiej koalicję rządową zawiązały dotąd rywalizujące ze sobą Partia Socjalistów Republiki Mołdawii oraz proeuropejski blok Teraz (ACUM). Celem tego porozumienia było zakończenie nieformalnych rządów Plahotniuka w Mołdawii.