W związku ze śledztwem, które prowadzono przeciwko Josefowi Hirtreiterowi – uczestnikowi akcji T4, strażnikowi w obozie zagłady w Treblince – zachodnioniemiecka prokuratura zainteresowała się osobą Gomerskiego. Był jednym z oskarżonych w procesie pracowników „ośrodka eutanazji” w Hadamarze, który w lutym i marcu 1947 roku toczył się we Frankfurcie nad Menem. Usłyszał wówczas wyrok uniewinniający. W październiku 1948 roku został jednak ponownie aresztowany, tym razem pod zarzutem popełnienia zbrodni wojennych. Jego proces toczył się przed frankfurckim sądem przysięgłych. Wyrokiem z 25 sierpnia 1950 roku został skazany na karę dożywotniego więzienia za morderstwa popełnione podczas służby w Sobiborze.
W 1972 roku, w wyniku procesu apelacyjnego, wyrok Gomerskiego zmniejszono do 15 lat więzienia. Niedługo później wyszedł na wolność ze względu na zły stan zdrowia. Prokuratura wniosła odwołanie od wyroku sądu apelacyjnego, na skutek czego w październiku 1981 roku wszczęto kolejne postępowanie. Ostatecznie zostało ono jednak umorzone ze względu na rzekomą niezdolność oskarżonego do uczestnictwa w rozprawie.