obraz w ołtarzu głównym namalował Giacinto Brandi, w kaplicy Narodzenia (cappella della Natività), drugiej po lewej stronie, znajduje się poliptyk pędzla Gaudenzia Ferrariego, zrealizowany około 1514 roku i należący do pierwotnego kościoła San Vincenzo. Poszczególne panele poliptyku przedstawiają, w górnej części: Boże Narodzenie, flankowane Zwiastowaniem Pannie Maryi oraz w dolnej: Madonnę z Dzieciątkiem, św. Rochem, św. Iwonem i biskupami Gaudentym i Ambrożym flankowane obrazami Świętych Piotra i Jana Chrzciciela i Świętych Pawła i Agabiusza. Rama poliptyku wykonana została zgodnie z kanonami renesansowymi, w kaplicy Matki Bożej Loretańskiej (cappella della alla Vergine di Loreto), trzeciej po lewej stronie, znajduje się ołtarz, poświęcony patronce kaplicy, ozdobiony freskiem pędzla Legnanina.
Transept W prawym transepcie znajduje się krypta ze szczątkami patrona bazyliki, udostępniana w dniach jego święta. W lewym transepcie poświęconym Sant'Adalgisio, znajduje się odrestaurowany ołtarz Pelagia Pelagiego. W głębi, naprzeciwko posągu św. Gaudentego, znajdują się doczesne szczątki biskupa St. Adalgisia z VIII wieku, a w jej pobliżu – posąg Chrystusa Zbawiciela. Wykonany w ubiegłym wieku, znajdował się pierwotnie na szczycie wieży, wieńczącej kopułę.