W lecie 1911 roku przeniósł się do Krakowa. 14 listopada popełnił samobójstwo w swoim mieszkaniu przy ul. Batorego strzałem w skroń z rewolweru, jak podawały gazety, przyczyną był rozstrój nerwowySamobójstwo. Czas nr 522 (15.11.1911) s. 3. Późniejsze źródła wskazywały na wiele przyczyn osobistych, w tym nieuleczalną chorobę, zawód miłosny, zmianę orientacji politycznej i trudności w uzyskaniu stanowiska naukowego na Uniwersytecie Jagiellońskim. Pochowany jest na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 34, rząd 2, miejsce 14/15).
Dorobek naukowy Kernbaum był autorem 10 prac. Praca doktorska składała się z dwóch części; w pierwszej badał rozpad polonu, dochodząc do mylnego wniosku, że promieniowanie emitowane przez polon nie zawiera cząstek alfa. W drugiej części pracy dowodził, że promienie X nie mają wpływu na radioaktywność ciał promieniotwórczych. Pod kierunkiem Curie-Skłodowskiej podjął prace nad rozkładem wody pod wpływem promieniowania beta, nadfioletowego, słonecznego.