przydzielano go m.in. do rodzajów Rallus, Ocydromus, Cabalus, Nesolimnas, Gallirallus i Hypotaenidia. Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (2021) umieszcza go w rodzaju Hypotaenidia. W 1872 Frederick Wollaston Hutton opisał innego nielotnego chruściela – wodnika brązowego (Cabalus modestus). Niektórzy autorzy uznawali go za młodocianego wodnika chathamskiego, jednak później sam Hutton przedstawił dowody na odmienny stan rzeczy, mimo że wspierali go inni autorzy, m.in. Tommaso Salvadori, Henry Ogg Forbes i Olaus Murie. W biegu historii został również przydzielony do monotypowego rodzaju Nesolimnas (Andrews, 1896), jak i uznany za przedstawiciela innego gatunku – wodnika białobrewego (H. philippensis).
Prawdopodobnie zarówno wodnik chathamski, jak i brązowy (Cabalus modestus) wyewoluowały od wspólnego przodka, przypominającego wodnika białobrewego (H. philippensis). Na odrębność tych dwóch gatunków wskazują także dowody osteologiczne i badania mtDNA. Wodnik chathamski jest obecny w zapisie kopalnym z wysp Mangere Island i Chatham.