Rozstrzelano go, razem z marynarzami Nikitą Antonienką, Siergiejem Czasnikiem i Aleksandrem Gładkowem na wyspie Berezań w pobliżu Oczakowa. Stracenie Szmidta wzburzyło rosyjskie kręgi liberalne - był on pierwszym od dziesięcioleci straconym oficerem. Wierzono również, że jego intencją była jedynie obrona manifestu październikowego przed powrotem samodzierżawia, a dowództwo zbrojnym buntem Szmidt objął, uniesiony atmosferą chwiliA. Asher, The Revolution of 1905. Russia in Disarray, Stanford University Press, Stanford 1988, ISBN 978-0-8047-2327-5, s. 272..
Ciało Szmidta zostało ekshumowane i uroczyście przewiezione po rewolucji lutowej do SewastopolaA. Szyrokorad, Riewolucija i grażdanskaja wojna w Krymu, Wiecze, Moskwa 2017, , s. 19.. Tam pochowano je na Cmentarzu Komunardów.
Życie prywatne W 1888 r. ożenił się z prostytutką, mając nadzieję na przekonanie jej do zmiany sposobu życia. Małżeństwo było jednak nieudane i Piotr Szmidt porzucił żonę, zostawiając ją razem z synem Jewgienijem. Syn Szmidta podczas wojny domowej w Rosji walczył po stronie białych, następnie emigrował.
Upamiętnienie Po śmierci Szmidta wokół jego osoby powstała legenda. Przedstawiano go jako dobrego oficera rozumiejącego prostych ludzi, życzącego Rosji pokojuA. Andrusiewicz, Złoty sen..., s. 162..