Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej od lata 1941 do początku 1945 pracował jako przymusowy pracownik fizyczny (na kolei i przy wyrębie lasów). W tym czasie jednocześnie zaprzysiężony AK, działał w grupie wywiadu głębokiego w stopniu kaprala podchorążego. Jego zadaniem była m.in. obserwacja ruchu niemieckich pociągów, ich załadowania i obranej trasy w miejscowości Wierzbołów oraz obserwacja robót budowlanych o charakterze wojskowym.
9 maja 1945 roku udał się do Warszawy, ale mieszkania rodziny i krewnych leżały w zgliszczach. Następnie do Olsztyna, gdzie w czerwcu 1945 podjął pracę w Wojewódzkim Oddziale Państwowego Urzędu Repatriacyjnego i równolegle studiował na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu.
Od 1945 żonaty z Marią, z domu Statkiewicz (ur. 15 marca 1923 w Nowych Świecianach k. Wilna, zm. 15 lipca 2002 w Gdańsku). Troje dzieci: Elżbieta, Tadeusz i Bogdan.
Kazimierz Podoski został pochowany na Cmentarzu Srebrzysko w Gdańsku (rejon V, taras IX, rząd 1). mały|Grób prof. Kazimierza Podoskiego na cmentarzu Srebrzysko