Mathews opisał jako podgatunek fregaty średniej fregatę wielką (F. magnificens), obecnie uznawaną za odrębny gatunek. Mathews znany był z częstego rozdzielania różnych taksonów i być może podgatunki te nie są warte wyróżniania.
W Ulupau Head (Oʻahu) odnaleziono pochodzące od fregaty średniej proksymalną część kości ramiennej i paliczek ze skrzydła, datowane na okres Illinoian (środkowy plejstocen). Osobniki z pięciu kolonii z Galapagos były przedmiotem badań genetycznych, uwzględniono w nich również inne występujące tam ptaki – głuptaki galapagoskie (Sula granti). Na podstawie badania trzech genów mitochondrialnych utworzono sieć filogenetyczną haplotypów. Badana populacja nie przedstawiała żadnej lub przedstawiała nikłą strukturę genetyczną – inaczej niż u uwzględnionego podczas prac głuptaka. Wyliczono średnią heterozygotyczność dla populacji fregat – 65%, wyższą niż u badanych głuptaków (58%); sprzyja temu wskaźnik migracyjności fregat. Nie są to wyniki znacząco inne od tych, które uzyskano dla innych galapagoskich ptaków.