Morfologia Długość ciała wynosi 82–105 cm; masa ciała samców 1000–1450 g, samic 1215–1640 g; rozpiętość skrzydeł 180–230 cm. Występuje wyraźny dymorfizm płciowy w upierzeniu. Przedstawiciele poszczególnych podgatunków różnią się znacznie rozmiarami, dodatkowo u samic w kolorze dzioba i obrączki ocznej. Szczegółowe informacje zamieszczono w sekcji „Podgatunki”.
Samce osiągają dorosłe upierzenie w wieku 10–11 lat, jednak niektóre aż do 13 r.ż. zachowują nieco białych piór na piersi. Upierzenie dorosłego samca jest całkowicie czarne, połyskliwe, z zielonkawą lub fioletowawą opalizacją, szczególnie na karku, w górnej części grzbietu i na barkówkach. Brązowy pasek skrzydłowy niekoniecznie widoczny; to cecha zmienna. Dziób ciemny, od niebieskoszarego po czarniawy, z jaśniejszymi paskami. Tęczówka brązowa, obrączka oczna czarniawa. Stopy matoworóżowe. Samce fregaty średniej mogą być w terenie niezwykle trudne do odróżnienia od samców fregaty wielkiej lub fregaty orlej (Fregata aquila) ze względu na schowane czarniawe stopy.
thumb|left|Kilka dni po uformowaniu się par nadęty worek na gardle kurczy się i cofa w kierunku gardła