Pełnione pozostałe funkcje Axen był członkiem Prezydium Komitetu Antyfaszystowskich Bojowników Ruchu Oporu NRD (Komitee der Antifaschistischen Widerstandskämpfer) (1979-), od 1982 Rady Generalnej Międzynarodowej Federacji Bojowników Ruchu Oporu (Internationale Föderation der Widerstandskämpfer) oraz w Radzie Prezydialnej Rady Przyjaźni NRD (DDR-Friedensrat) (1982-1989).

Wydalenie z SED i postępowanie sądowe W 1989 Axen został wydalony z SED. Przebywał w Moskwie, gdzie przeszedł operację oczu (1989-1990). Tymczasem w NRD wszczęto przeciwko niemu postępowanie karne, przez Prokuratora Generalnego NRD w sprawie popełnienia przestępstwa „nadużycia zaufania” (§ 165 Kodeksu Karnego NRD), co wiązało się między innymi z zablokowaniem rachunków bankowych. Po powrocie, 16 stycznia 1990 Axen został aresztowany na lotnisku Berlin Schönefeld pod zarzutem nadużycia władzy i korupcji. Nakaz aresztowania został jednakże odwołany 31 stycznia 1990 z powodu jego złego stanu zdrowia. W dniu 27 czerwca 1991 Sąd Okręgowy w Berlinie oddalił wszczęcie postępowania. 15 lutego 1992 Axen zmarł w szpitalu w Berlinie na niewydolność serca. Pochowany został na Cmentarzu Centralnym w Berlinie (Zentralfriedhof Friedrichsfelde) w Berlinie-Friedrichsfelde.