Po wojnie, wspólnie z Władysławem Strzemińskim, Leonem Ormezowskim i Romanem Modzelewskim, współorganizował Wyższą Szkołę Sztuk Plastycznych w Łodzi (obecnie Akademia Sztuk Pięknych im. Władysława Strzemińskiego), gdzie pełnił funkcję dziekana, a w latach 1949-50 rektora. W 1950, wkrótce po wyrzuceniu z uczelni Władysława Strzemińskiego, Wegner na własną prośbę został odwołany. Powrócił dopiero w 1957 i początkowo prowadził wykłady z estetyki. Współpracował również z Klubem Młodych Artystów i Naukowców w Warszawie oraz był członkiem grupy „Piąte Koło”, a także później brał udział w spotkaniach w Związku Literatów Polskich w Łodzi organizowanych przez grupę „Nowa Linia”. W latach 1957 i 1959 był członkiem komitetu organizacyjnego Wystaw Sztuki Nowoczesnej w warszawskiej Zachęcie.
Stefan Wegner był jednym z najbardziej gorliwych zwolenników myśli awangardowej. Początkowo swoje prace tworzył w stylu impresjonistycznym, by następnie wykształcić swoją myśl artystyczną, którą wyprowadził z zasad kubizmu, zwracając uwagę na sposób budowy przestrzeni, na logikę przenikania płaszczyzn i zamykania napięć kierunkowych.