Poniżej istoty szarej kory móżdżku leży istota biała, zbudowana z mielinowych włókien nerwowych, nazywana czasem po łacinie arbor vitae („drzewem życia”) z uwagi na rozgałęziony, przywodzący na myśl drzewo, wygląd w przekroju. Leżą w niej cztery jądra móżdżku, zbudowane z istoty szarej.
Połączenia móżdżku z różnymi częściami układu nerwowego to trzy parzyste konary móżdżku: konar górny móżdżku, konar środkowy móżdżku i konar dolny móżdżku. Ich nazwy odwołują się do położenia względem robaka. Konar górny stanowi głównie wyjście kierujące się do kory mózgu, obejmujące włókna eferentne przez jądra wzgórza do górnych neuronów ruchowych w korze mózgu. Wychodzą one z jąder móżdżku. Konar środkowy łączy się z mostem i otrzymuje informację wejściową wyłącznie z mostu, głównie z jąder mostu. Do mostu trafia ona z kory mózgu i jest przekazywana z jąder mostu przez poprzeczne włókna mostu do móżdżku. Konar środkowy jest największy i jego włókna aferentne grupują się w trzy niezależne pęczki dochodzące do różnych części móżdżku. Konar dolny otrzymuje informację z włókien aferentnych z jąder przedsionkowych, rdzenia kręgowego i nakrywki. Konar dolny wyprowadza informację przez włókna eferentne do jąder przedsionkowych i tworu siatkowatego.