Istnieją też dwa główne szlaki, rozpoczynające się od włókien kiciastych i pnących, oba kończące się w jądrach móżdżku.
Włókna kiciaste (mszyste) sięgają bezpośrednio jąder móżdżku, ale też dają początek następującemu szlakowi: włókna kiciaste → komórki ziarniste → włókna równoległe → komórki Purkiniego → jądra móżdżku. Włókna pnące dochodzą do komórek Purkiniego, wysyłając także kolaterale bezpośrednio do jąder. Włókna kiciaste i pnące przenoszą informacje specyficzne dla danego włókna. Móżdżek otrzymuje też sygnały dopaminergiczne, serotoninergiczne, noradrenergiczne i cholinergiczne, które prawdopodobnie zapewniają ogólną modulację.
Korę móżdżku budują 3 warstwy. Najgłębiej leży gruba warstwa ziarnista, tworzona przez gęsto upakowane komórki ziarniste wraz z interneuronami, głównie Golgiego, ale też Lugaro i jednobiegunowe komórki szczoteczkowe. Pośrodku leży warstwa zwojowa (Purkiniego), wąska strefa zawierają perykariony komórek Purkiniego i komórek glejowych Bergmanna. Na wierzchu spoczywa warstwa drobinowa, zawierająca spłaszczone drzewa dendrytyczne komórek Purkiniego wraz z szeroką paletą włókien równoległych penetrujących drzewa dendrytyczne komórek Purkiniego pod kątem prostym. Najbardziej zewnętrzna warstwa kory móżdżku także zawiera dwa typy interneuronów hamujących: komórki gwiaździste i komórki koszyczkowe.