Podczas II wojny światowej do programu nauczania doszły wykłady ze sztuki amerykańskiej. Zorganizowano wystawę prac Paula Cézanne’a, wypożyczonych ze zbiorów Duncana Phillipsa (założyciela w 1921 pierwszego w Stanach Zjednoczonych muzeum sztuki nowoczesnej), a także ważnych dzieł ze zbiorów Museum of Modern Art, którego założyciel, Alfred H. Barr Jr., był absolwentem uczelni w Princeton. Za kadencji Mathera w kolekcji znalazło się pierwsze dzieło artysty z Afryki Subsaharyjskiej (1937), a w następnych dziesięcioleciach muzealne zbiory wzbogaciły jego własne dary etiopskiej sztuki chrześcijańskiej, w tym iluminowany, królewski manuskrypt. W okresie II wojny światowej w zbiorach w Princeton pojawiły się rzymskie mozaiki i inne zabytki z wykopalisk w Antiochii, w których znaczący udział miał Princeton. Zbiór starożytnych mozaik z Antiochii należy do czołowych w Stanach Zjednoczonych. Kolejnym ważnym darem była kolekcja Dana Fellowsa i Ethel Bliss Platt, przekazana do muzeum w czasie wojny. Obejmowała ona starożytne włoskie meble, albumy z rysunkami, obrazy i inne przedmioty. W 1946 Frank Mather przeszedł na emeryturę. Na stanowisku dyrektora zastąpił go Ernest DeWald, który odegrał ważną rolę w ratowaniu europejskich dzieł sztuki pod koniec II wojny światowej. Jako dyrektor DeWald mocno zaangażował się w konserwację dzieł sztuki.