Paliński złożył dymisję z funkcji prezesa Stowarzyszenia, nie chcąc narażać organizacji, zwłaszcza, że we wstępie książki znajdowały się krytyczne uwagi wobec pruskiego systemu szkolnego. Wyrok sądowy pozbawił go praw wykonywania zawodu nauczyciela. Paliński w swoim życiu 25 razy stawał przed sądem, zarzuty dotyczyły głównie jego działalności publicystycznej.
Pracował jako redaktor "Gazety Bydgoskiej", od 1900 roku redagował "Pałuczanina". W latach 1900–1904 w Gnieźnie współpracował z pismem "Lech". W Gnieźnie dał się poznać jako działacz narodowy. Następnie przeniósł się do Gdańska, gdzie w latach 1904-1905 objął redakcję "Gazety Gdańskiej". Za "przestępstwa prasowe" został osadzony w gdańskim więzieniu. Również tutaj prowadził działalność patriotyczno-narodową. W 1906 został p.o. redaktora "Dziennika Berlińskiego".
W 1906 wyemigrował z rodziną do Westfalii, gdzie do 1908 pracował w Zjednoczeniu Zawodowym Polskim w Bochum. W Westfalii brał czynny udział w stowarzyszeniach polonijnych. Kierował towarzystwem śpiewaczym, był prezesem "Świętojózafacia". Współpracował z pismami: "Śmiech", "Zgoda", "Osa", "Goniec". Rozpoczął pracę nad encyklopedią "Wiedza ludzka", której wydawanie zostało wstrzymane po drugim zeszycie.