Okupację spędził na terenie Wągrowca. Pod koniec życia popadł w trudną sytuację materialną. Zmarł w 1950 roku w Wągrowcu, gdzie został pochowany na cmentarzu komunalnym (sektor III, rząd 5).
Swoją działalność Piotr Paliński prowadził w czasie najostrzejszej kampanii Kulturkampfu. Spędził 8 miesięcy w więzieniach oraz był wielokrotnie zwalniany z zajmowanego w danym czasie stanowiska oraz pozbawiany możliwości podjęcia innej pracy w zawodzie.
Uhonorowany został licznymi odznaczeniami i nagrodami, m.in.: Krzyżem Niepodległości oraz orderem Polonia Restituta, Medalem Towarzystwa Powstańców i Wojaków, Medalem Rodła. Jego imię nosi jedna z ulic Wągrowca oraz tamtejsza Biblioteka Pedagogiczna. Również w Bydgoszczy istnieje ulica Palińskiego. Na domu w którym mieszkał w latach 1928-1950 (Wągrowiec, ul. Opacka 3) wmurowano pamiątkową tablicę.
Na temat Piotra Palińskiego powstały książki i artykuły, między innymi publikacja Marii Baar ("Piotr Paliński. Nauczyciel, redaktor, pisarz", Poznań 2006). 27 lutego 2020 roku w 70.