W celu ustalenia stanu elementów hydromorfologicznych stosowane są odpowiednie metodyki. Według jednego z systemów klasyfikacji metodyk oceny stanu elementów hydromorfologicznych wód płynących wyróżnia się 5 typów służących głównie: ocenie fizycznej siedlisk, ocenie siedlisk przybrzeżnych, ocenie morfologicznej, ocenie reżymu hydrologicznego oraz ocenie drożności dla ryb. Różne metodyki służą do oceny hydromorfologii w różnej skali: jednostek hydraulicznych lub sedymentologicznych, jednostek morfologicznych, odcinków cieku lub zlewni. Metodyki te skupiają się na ocenie głównego koryta rzeki lub strefy brzegowej. Wiele metodyk łączy niektóre typy. Istnieją również metodyki silnie wyspecjalizowane, służące do oceny jednego parametru. Należą do nich metodyki określania przepływów środowiskowych.
W 2015 roku było znane ponad sto metodyk ogólnej oceny hydromorfologicznych elementów rzek. Z kolei w podobnym czasie samych metodyk określania przepływów środowiskowych i pokrewnych, jak przepływ nienaruszalny czy gwarantowany, było znane okołu dwustu. Ramowa dyrektywa wodna wskazuje, że metodyki monitoringu elementów hydromorfologicznych muszą być zgodne z normami EN 14614:2004 (wody płynące) i EN 16039:2011 (jeziora).