W latach 1903–1917 pracował jako wykładowca (Privatdozent) na uniwersytecie w Petersburgu, gdzie prowadził badania i pisał wielotomową Historię narodu gruzińskiego oraz prace dotyczące m.in. gruzińskiego prawa, paleografii, historii Gruzji i Kaukazu. W 1906 roku obronił pracę magisterską Государственный строй древней Грузии и древней Армении (tłum. System polityczny starożytnej Gruzji i starożytnej Armenii), uzyskując tytuł magistra filologii armeńsko-gruzińskiej. W 1917 roku został docentem.
W tym samym roku, po wybuchu rewolucji, wrócił do Tyflisu, gdzie był jednym z inicjatorów utworzenia gruzińskiego uniwersytetu. Uniwersytet Gruziński utworzono 26 stycznia 1918 roku. Jego pierwszym rektorem został Petre Melikiszwili (1850–1927), a Dżawachiszwili został dziekanem Wydziału Filozofii. Dwukrotnie (w 1919 i w 1923 roku) był wybierany rektorem uczelni. Podczas drugiej kadencji był atakowany przez władze radzieckie i związanych z nimi naukowców, za swoje niezgodne z marksizmem poglądy historyczne. Został odwołany ze stanowiska rektora 23 czerwca 1926 roku.