Im bliżej było końca wojny, tym warunki w klasztorze stawały się dramatyczniejsze. Od 5 lutego 1945 rozpoczęły się bombardowania miasta, 10 lutego wydano rozkaz opuszczenia miasta przez ludność cywilną, klasztor zaczął pustoszeć. Po kolejnym wielkim bombardowaniu 15 lutego również siostry opuściły klasztor „Regina Coeli” i schroniły się w klasztorze św. Katarzyny (na ul. Klasztornej), gdyż tam był bezpieczniejszy schron przeciwlotniczy. Po następnych zmasowanych bombardowaniach katarzynki z przełożoną generalną matka M. Arcadią Schmalenbach ostatecznie opuściły Braniewo 24 lutego 1945 roku. Towarzyszył im ks. Andreas Bönigk, dyrektor duchowny katarzynek. W swoich bagażach oprócz najpotrzebniejszych rzeczy siostry zabrały także relikwie założycielki zakonu Reginy Protmann, które ukryły w pobliskiej wsi Mamonowo. Wiele sióstr zginęło w drodze z chorób i wyczerpaniaRelinde Meiwes, Klosterleben in bewegten Zeiten. Die Geschichte der ermlӓndischen Katharinenschwestern (1914–1962), Paderborn 2016, s.170–172.