Wojna przez samo Braniewo przetoczyła się względnie szybko – od pierwszego bombardowania do wyzwolenia upłynęło zaledwie 1,5 miesiąca, lecz skutki bombardowań i ostrzału artyleryjskiego były dla miasta katastrofalne. Piękne jeszcze niedawno miasto legło w gruzach (80–85% zniszczeń). Klasztor „Regina Coeli” mimo spadających dokoła bomb nie poniósł niemal żadnych strat. Budynku dosięgła tylko jedna bomba, która spowodowała pożar i zniszczenia w kaplicy. Niemniej jednak cały obiekt klasztoru został w znacznym stopniu w zawierusze wojennej zdewastowany. Ponad rok nie było sióstr katarzynek w Braniewie, które pozostawały w rozproszeniu w domach rodzinnych, w obozach pracy, w szpitalachKlasztor „Regina Coeli” w Braniewie. Zarys dziejów, Olsztyn-Braniewo 2006
Kaplica klasztorna „Regina Coeli” lewo|mały|302x302px|Kaplica „Regina Coeli”, w prezbiterium odzyskany historyczny ołtarz|alt= Na piętrze klasztoru znajduje się obszerna kaplica klasztorna „Regina Coeli”. W maju 1910 zostało ukończone jej malowanie przez elbląskiego malarza Justusa Bornowskiego, w lipcu tegoż roku kaplica otrzymała ołtarz główny, który został wykonany w słynnym ze sztuki rzeźbiarskiej bawarskim mieście Oberammergau. Wykonany jest w stylu neogotyckim, szafiasty, w formie tryptyku, łączący się z mensą ołtarzową poprzez predellę.