charakteryzują się powstawaniem otworu gębowego z prajelita, zaś pragęba przemienia się w otwór odbytowy, także mezoderma i celoma powstają w sposób identyczny spotykany u tych pierwszych (enterocelia). Jednocześnie, kambryjskie wymarłe formy różnią się nieznacznie. Ponadto, położenie układu nerwowego jest charakterystyczne dla pierwoustych (Protostomia), ponieważ położony jest on na spodniej części ciała. Wiele badaczy uznaje przegrodę między częścią tułowiową a ogonową za wtórnie utworzoną, gdyż powstaje ona później; w tym wypadku strzałki morskie nie powinny być traktowane jako organizmy trimeryczne, jakimi są niższe wtórouste. O ich ewolucyjnym zaawansowaniu miała też świadczyć obecność płetw usprawniających lokomocję. Badania genetyczne małej jednostki rybosomalnej (SSU) wykluczyły jednak pokrewieństwo z wtóroustymi. Podobieństwo morfologiczne i anatomiczne kolców chwytnych sugeruje ich pochodzenie od wczesnopaleozoicznych protokonodontów (†Protoconodonta). Odrzucono pokrewieństwo z wtóroustymi na podstawie próbek rybosomalnego RNA i szczecioszczękie zostały wstępnie zaliczone do pierwoustych, ale ich pozycja wewnątrz tej grupy nadal pozostawała niejasna. W 2019 roku, zespół naukowców na podstawie analiz uznał, że szczecioszczękie to przedstawiciele Gnathifera, który współdzielą m.in.