Około godziny 12:00 dowódca ekspedycji karnej rozkazał spędzić wszystkich mieszkańców Szarajówki do kilku wybranych budynków. Wiele osób zgromadzono w stajni Macieja Mołdy, pozostałych wprowadzono do zabudowań Józefa Klechy i Stanisława Krzeszowca. Gdy wszystkie ofiary znalazły się w środku, Niemcy zaryglowali drzwi i okna, obłożyli budynki słomą, a następnie podpalili. Tylko jednej kobiecie udało się wydostać na zewnątrz, została jednak natychmiast zastrzelona. Na koniec oprawcy podpalili pozostałe zabudowania Szarajówki. Około godziny 15:30 ekspedycja karna opuściła zniszczoną wieś. Masakrę przeżyło jedynie kilka osób, które zdołały ukryć się na terenie wsi, a następnie zbiec pod osłoną dymu z płonących budynków. Ocaleli również ci mieszkańcy, którzy w czasie pacyfikacji przebywali poza domem, m.in. kilkoro dzieci uczących się w sąsiedniej miejscowości.