W 1917 został awansowany na stopień kapitana.
Po przejęciu władzy w Polsce w 1918 Józef Piłsudski mianował Bogackiego kierownikiem Komisji Opieki w Ministerstwie Zdrowia, która organizowała leczenie i rehabilitację weteranów, a jednocześnie swoim osobistym lekarzem. Po zakończeniu wojny w listopadzie 1918 został przyjęty do Wojska Polskiego. Służył w Sekcji Opieki Ministerstwa Spraw Wojskowych. Z dniem 28 grudnia 1919 został przeniesiony do rezerwy. W sierpniu 1920 został awansowany na stopień majora rezerwy lekarza w korpusie oficerów sanitarnych ze starszeństwem z 1 czerwca 1919. W 1920 do Polski przyjechała jego rodzina. W 1923 nostryfikował dyplom w Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego i rozpoczął praktykę zawodową. W 1923, 1924 był oficerem rezerwowym 1 Batalionu Sanitarnego. W 1934 jako major rezerwy był w kadrze zapasowej 1 Szpitala Okręgowego i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Warszawa Miasto III. Po śmierci Piłsudskiego w 1935 Bogacki zrezygnował z pracy dla administracji państwowej i skupił się na swojej praktyce lekarskiej, którą realizował w Warszawie. Po wybuchu II wojny światowej wrócił do rodzinnego Krosna i w czasie okupacji ratował Żydów, wydając im fałszywe zaświadczenia lekarskie oraz współpracował z Armią Krajową.