Dzięki tej znajomości w 1915 pomógł Feliksowi Młynarskiemu, który w USA miał w tajemnicy przed Austriakami zabiegać o fundusze dla Legionów Polskich i przychylność tego kraju dla sprawy polskiej. Młynarski w czasie pobytu w Cleveland zamieszkał u Bogackiego, a później z jego pomocą napisał list do prezydenta Wilsona. Dzięki staraniom Bogackiego Wilson obiecał poparcie dla Legionów Polskich. W swoim orędziu z programem pokojowym wygłoszonym do Kongresu USA w styczniu 1918 zawarł punkt wskazujący na konieczność utworzenia niepodległego państwa polskiego.
W 1916 Bogacki wrócił potajemnie do Polski. Początkowo pełnił służbę w Legionach Polskich, od października 1916 jako naczelny lekarz w stopniu kapitana, a od października pracował w Izbie Chorych w Dęblinie, zaś miesiąc później został naczelnym lekarzem w szpitalu w Kozienicach. W 1917 mianowano go lekarzem garnizonowym w Warszawie, przez pewien okres równolegle pełnił jednocześnie funkcję chirurga w szpitalu fortowym w Warszawie. W 1917 w stopniu podporucznika wykładał medycynę i ratownictwo w Wyższym Kursie Szkoły Żandarmerii.