Na początku XVIII wieku doszło do pożaru kościoła. Archidiakon włocławski Tomasz Niemierza obiecał wtedy ufundowanie drugiego kościoła św. Gotarda w miejsce pierwotnego. Mimo to siedziba parafii została przeniesiona do Szpetala Górnego, a parafia św. Gotarda w Szpetalu Dolnym przestała istnieć.
Nie zachowały się żadne pozostałości po dawnym kościele ani informacje na temat jego wyglądu zewnętrznego i wyposażenia wnętrza.
W latach 80. XX wieku rozważano, by nowo powołana parafia otrzymała wezwanie św. Gotarda, nawiązując do tradycji średniowiecznej parafii w tym miejscu. Ostatecznie jednak przyjęła ona wezwanie Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski.
Szpital Wraz z powstaniem kościoła założono przy nim szpital, który służył podróżnym czekającym na przeprawę przez Wisłę. To właśnie od tego szpitala miejscowość przyjęła nazwę Szpetal. Później powstała druga miejscowość zwana Szpetalem Górnym, stąd pierwotna miejscowość przyjęła nazwę Szpetala Dolnego. Po przyłączeniu terenów do granic administracyjnych Włocławka noszą one nazwę Zawiśla.
Szpital św. Gotarda, podobnie jak kościół znajdował się z początku pod zarządem diecezji we Włocławku. Z nieznanych powodów został on jednak przekazany zakonowi benedyktynów.