W późniejszych latach, szczególnie podczas II wojny światowej, zbliżyła się do katolicyzmu.

II wojna światowa thumb|upright|Alma Karlin, ilustracja z jej książki Einsame Weltreise W latach 1937–1939 udzieliła schronienia francusko-niemieckiemu antyhitlerowskiemu dziennikarzowi Hansowi Joachimowi Bonsackowi i przestała publikować w niemieckiej prasie jako akt protestu przeciwko nazizmowi. Pod naciskiem Niemców mieszkających w Celje i organizacji Kulturbund musiała opuścić rodzinny dom w mieście i przeniosła się do willi w Zagrad. Na początku 1941 prace Almy zostały zakazane w Niemczech. Po zajęciu Jugosławii została aresztowana przez gestapo i wysłana do Mariboru, gdzie czekała na ekstradycję wraz z tysiącami Słoweńców do obozów śmierci. Została uwolniona dzięki energicznej interwencji jej życiowej przyjaciółki Thei Gamelin, która miała powiązania w Trzeciej Rzeszy. Powróciła do Celje, gdzie pozostawała w areszcie domowym.