Wiosną 1944 postanowiła uciec do południowo-słoweńskiego regionu Bela krajina, kontrolowanego przez słoweński oddział partyzancki. Mimo że była ciężko chora, partyzanci pod dowództwem komunistów nie pozwolili jej przedostać się kontrolowanego przez Aliantów miasta Bari na południu Włoch. Została przetransportowana do Dalmacji, gdzie przebywała do końca wojny. Po powrocie w rodzinne strony zamieszkały we wsi Pečovnik niedaleko Celje, w domu kupionym przez Gammelin. 14 stycznia 1950 zmarła na raka piersi i gruźlicę i została pochowana na cmentarzu Svetina, gdzie spoczywa razem z Theą Schreiber Gammelin.
Kolekcje Karlin Karlin była także kolekcjonerem i etnologiem. Większość przedmiotów, które nabyła podczas swoich podróży, wysłała do domu, gdzie później założyła małe prywatne muzeum. Niektóre eksponaty znajdują się obecnie w Muzeum Regionalnym w Celje (Pokrajinski muzej Celje) i w Muzeum Historii Najnowszej w Celje (Muzej novejše zgodovine Celje). Wiele jej pism nie zostało jeszcze opublikowanych, większość z nich znajduje się w Bibliotece Narodowej i Uniwersyteckiej (Narodna in univerzitetna knjižnica) w Lublanie.