Klarysa kilkakrotnie powracała do Rzymu aby odwiedzać swych krewnych, oprócz tego około 1480 roku podróżowała do Volterry, Colle di Val d’Elsa, Passignano sul Trasimeno oraz innych miejsc, a powodem wyjazdów często były pielgrzymki do tamtejszych sanktuariów. Podczas tych podróży była traktowana jako osobista przedstawicielka swojego męża, co było raczej niespotykaną rolą dla kobiety jej czasów i miejsca.

Zmarła na gruźlicę 30 lipca 1488 roku we Florencji i została pochowana w dwa dni później. Jej mąż ze względu na poważną chorobę nie był obecny przy jej śmierci i nie uczestniczył w jej pogrzebie, przebywając w położonym w okolicach Sieny uzdrowisku Filetta, gdzie przybył aby wyzdrowieć. Z jego listów do papieża Innocentego VIII wynika, że bardzo tęsknił za zmarłą żoną.

Małżeństwo i potomstwo 4 czerwca 1469 roku Klarysa Orsini wyszła za mąż za Wawrzyńca Wspaniałego (1449–1492), syna władcy Florencji Piotra Medyceusza i jego żony Lukrecji Tornabuoni.