Podczas wykopalisk w Perperikonie odkryto kompleks architektoniczny z fortecą i akropol z sanktuarium.

Miasto funkcjonowało w okresie od neolitu (II tys. p.n.e.) do końca drugiego państwa bułgarskiego (XIV w.). W IV w. n.e. zostało spalone przez Gotów. Po przejściu Bessów na chrześcijaństwo w V w., Perperikon przechodził kolejne lata rozkwitu. W XIII w. miasto zostało zajęte przez Bizancjum, po czym odzyskane na krótko przez cara Michała I Asena, ponownie stracone i odbite przez cara Iwana Aleksandra. W latach 40. i 50. XIV w. wszystkie fortece w Rodopach przeszły w ręce najemników osmańskich. Perperikon pozostawał przez lata zapomniany.

W roku 2000 zaczęto prowadzić tu zakrojone na wielką skalę prace archeologiczne i rekonstrukcyjne.

Opis Perperikon uważany jest za największy zespół megalityczny na Bałkanach. Składa się z fortecy, akropolu na szczycie wzgórza, pałacu lub świątyni oraz dwóch miast zewnętrznych, na północnym i południowym stoku wzgórza.

Skaliste wzgórze otaczają masywne mury fortecy. Na jego szczycie znajduje się akropol, przy czym wiele odkrytych tu budynków nie zostało jeszcze zidentyfikowanych. Do dziś zachowały się ich partery wykute w skale z widocznymi zagłębieniami na drzwi. Pomiędzy pozostałościami budynków znajdują się ulice zachowane w bardzo dobrym stanie.