Euglena gracilis należy do rodziny Euglenaceae, która jest monofiletyczną grupą jednokomórkowych wiciowców, prowadzących wolny tryb życia, żyjących głównie w środowiskach wodnych. Ich cechą charakterystyczną jest znajdująca się pod błoną komórkową pellikula, stanowiąca powłokę zbudowaną z pasków białek. W przypadku helikalnego ułożenia pasków, uczestniczą one w specyficznej dla Euglenacae formie ruchu, polegającej na zmianie kształtu ciała (metabolia).
Rodzaj euglena skupia jednokomórkowe organizmy o niespłaszczonej budowie, charakteryzujące się zdolnością do dynamicznych ruchów i dużymi chloroplastami. W obrębie rodzaju euglena wyróżnia się podgrupy na podstawie kryteriów morfologicznych. Euglena gracilis należy do grupy euglen o brzeżnie ułożonych chloroplastach z pojedynczym pirenoidem. Do grupy tej zalicza się także m.in. Euglena hiemalis i Euglena longa.
Metabolizm