W latach 1993–1999 publikował na łamach, m.in.: „Rocznika Polskiej Polityki Zagranicznej”, „Spraw Międzynarodowych”, a także wydawnictw Polskiej Fundacji Spraw Międzynarodowych oraz Centrum Studiów Międzynarodowych. Był pomysłodawcą i jednym z organizatorów polsko-rosyjskich okrągłych stołów, w których uczestniczyli politycy i naukowcy, których celem był dialog na temat bezpieczeństwa europejskiego po wstąpieniu Polski do NATO. Był wśród inicjatorów działalności Forum Polsko-Ukraińskiego. Był pomysłodawcą i organizatorem projektu „Polsko-Amerykańsko-Ukraińskiej Inicjatywy Współpracy” ().

W latach 1999–2000 Marek Całka był radcą i kierownikiem Wydziału Politycznego Ambasady RP w Budapeszcie. Pełnił zarazem funkcję zastępcy szefa misji. Od jesieni 2000 do 2003 pracował jako radca w Wydziale Politycznym Ambasady RP w Moskwie, odpowiadając za politykę energetyczną Rosji, problematykę rozbrojenia, nieproliferacji, kontroli i eksportu broni masowego rażenia łącznie ze środkami jej przenoszenia. Od 2003 (według innego źródła – od 2004) do 2005 pracował jako radca i I radca w DSPPZ MSZ. Tworzył analizy i prognozy na temat stosunków Rosji z krajami NATO. Był jednym z autorów pomysłu wewnątrzukraińskiego okrągłego stołu, który doprowadził do kompromisu kończącego aktywny okres „pomarańczowej rewolucji”.