Jednocześnie kontynuował działalność naukową i publicystyczną, publikując swoje prace na łamach czasopisma „Polska w Europie”. W 2006 (według innego źródła – w latach 2005–2006) zajmował stanowisko doradcy sekretarza stanu (według innego źródła – podsekretarza) w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów oraz pełnił obowiązki dyrektora Departamentu Spraw Zagranicznych KPRM (według innego źródła od jesieni 2005 do 2006 był zastępcą dyrektora Departamentu Polityki Zagranicznej w KPRM).
21 grudnia 2006 Marek Całka został mianowany przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego ambasadorem Polski w Korei Południowej. Wykonywanie obowiązków rozpoczął w 2007, a zakończył w lipcu 2010. W tym okresie znacząco wzrósł eksport polskich produktów rolno-spożywczych na rynek południowokoreański. Od 2010 (według innego źródła – od lutego 2011) do 2015 pracował jako zastępca dyrektora Departamentu Wschodniego MSZ, gdzie zajmował się regionami Kaukazu Południowego oraz Azji Środkowej. W sierpniu 2024 został zastępcą dyrektora Departamentu Wschodniego MSZ.