Fi 156 do startu potrzebował dogodnego terenu o długości , a do lądowania , w związku z czym mógł swobodnie lądować na szosach, łąkach czy polanach. Ze względu na jego wszechstronność używany przez Rzeszę na wszystkich frontach II wojny światowej.
Zastosowanie Storch służył na wszystkich frontach, na których walczyła armia niemiecka, od Arktyki i Norwegii, przez front rosyjski aż po Pustynię Zachodnią, a także w Europie, zarówno w 1940, jak i w latach 1944–1945. Był to bardzo wytrzymały samolot – gdy leciał z prędkością ówczesnym myśliwcom bardzo trudno było go strącić; każdy Storch miał podobno żywotność bojową dziesięć razy dłuższą niż przeciętny Messerschmitt Bf 109!
Storch był używany w bardzo szerokim zakresie i pełnił wiele funkcji, między innymi używany był do korygowania ostrzału artyleryjskiego, rozpoznania, łączności sztabowej, jako powietrzna karetka pogotowia ratunkowego, do ratowania zestrzelonych lotników zza linii wroga (szczególnie cenny w Afryce Północnej oraz w Rosji), jako samolot do układania kabli oraz w wielu misjach specjalnych.