Szczególnie chętnie korzystali z niego dowódcy frontowi i ich sztaby, w tym Albert Kesselring i Erwin Rommel, a po stronie aliantów Bernard Law Montgomery.

Do najsłynniejszych zadań wykonanych przy użyciu tego samolotu należy przeprowadzona 12 września 1943 przez Ottona Skorzenego akcja uwolnienia Benito Mussoliniego, przewiezienie do Berlina gen. Roberta von Greima przez pilotkę Hannę Reitsch.

były eksportowane m.in. do Finlandii i Szwajcarii. Po podpisaniu paktu Ribbentrop-Mołotow jeden egzemplarz przekazano Stalinowi. Antonow próbował podjąć produkcję kopii Storcha jako OKA-38 „Aist” z silnikiem MV-6 (zbudowanym na podstawie Renault 6Q), zanim jednak dostarczono jednostki na front, zakłady zajęli Niemcy. We Francji produkowano w zakładach Morane-Saulnier pod nazwą Criquet jeszcze po wojnie. Ich produkcję podjęto także w Czechosłowacji w zakładach Leichtbau Budweis w Budweis, którą w 1944 przeniesiono do Flugzeugfabrik Mráz w Choceň.

Fieselerów używało polskie lotnictwo wojskowe i cywilne. Egzemplarz wykorzystywany jako samolot sanitarny miał oznaczenia i znajdował się w Poznaniu.