Най-голямо значение за икономиката на Естония има автомобилният транспорт (85% от товарите и 70% от пътническите превози). Дължината на шосетата е 15 хил. км.
Железопътният транспорт осигурява около ¼ от превозите на пътници. Дължината на жп линиите е 1520 км. По-важните жп линии са: Нарва – Талин – Хаапсалу, Талин – Пярну, Талин – Тарту и др.
Чрез морския транспорт се осъществява ½ от външната търговия на Естония. Най-голямо пристанище е Талин, но с международно значение са също Кингисеп, Пярну, Хаапсалу и др.