Това е списък на манастирите и по-важните църкви под управлението на Македонската православна църква, рапределени по епархии.
Ставропигиални манастири Лесновски манастир „Свети Архангел Михаил“, село Лесново, община Пробищип; Калищки манастир „Успение на Пресвета Богородица“, село Калища, община Струга;
Брегалнишка епархия Манастир Манастир „Свети Стефан“, село Конче
Църкви Църква „Свети Йоан Кръстител“, Щип; Църква „Свети Спас“, Щип; Църква „Свети Архангел“, Щип; Църква „Свети Никола“, село Крупище;
Дебърско-кичевска епархия
Манастири Бигорски манастир „Свети Йоан Кръстител“; Кичевски манастир „Света Богородица Пречиста“; „Свети Климент и Пантелеймон“, Охрид; Метох „Свети Георги Победоносец“, село Райчица, Дебърско; Манастир „Свети Наум“, Охридско; Църкви Църква „Света София“, Охрид; Църква „Свети Йоан Богослов Канео“, Охрид; Църква „Света Богородица Перивлепта“, Охрид;
Кумановско-осоговска епархия
Манастири Карпински манастир, село Орах, Кумановско; Осоговски манастир, Кривопаланско;
Църкви Манастирска църква „Свети Георги“, село Старо Нагоричане, Кумановско; Манастирска църква „Свети Никола“, село Псача, Крива паланка;
Повардарска епархия
Манастири Полошкият манастир „Свети Георги“ Ветерският манастир „Свети Йоан“, край село Ветерско Манастир „Свети Димитър“, Велес Моклишкият манастир „Свети Никола“, село Моклище
Църкви Църква „Света Богородица“, село Дреново; Маркова скална църква „Свети Никола“, село Драдня
Преспанско-пелагонийска епархия
Манастири Журечки манастир „Свети Атанасий“, село Журче, Демир Хисар; Варошки манастир „Свети Архангел Михаил“, Варош, Прилеп; Зързенски манастир „Свето Преображение Христово“, село Зързе, Прилепско; Слепченски манастир „Свети Йоан Предтеча“, село Слепче, Демир-Хисар; Манастир „Свети Никола“, село Слепче, Долнени; Сливнишки манастир „Рождество на Пресвета Богородица“, село Сливница, Преспа; Манастир „Трескавец“, Прилепско;
Църкви Църква „Свети Георги“, село Курбиново, Долна Преспа Църква „Свети Никола“, квартал Варош, Прилеп
Скопска епархия Манастири Марков манастир „Свети Димитър“, село Маркова Сушица; „Свети Никита“, село Баняне, Скопска Църна гора; Любански манастир „Свети Никола“, село Любанци, Скопска Църна гора; Манастирска църква „Свети Андрей“, Матка; „Свети Спас“, Матка; „Успение на Пресвета Богородица“, село Матка
Църкви Съборен храм „Свети Климент Охридски“, Скопие; Манастирска църква „Свети Никола Шишевски“, село Шишево; Църква „Свети Пантелеймон“, село Горно Нерези, Скопие; Църква „Свети Спас“, Скопие; Църква „Свети Спас“, Кучевище;
Струмишка епархия Манастири Бански манастир „Свети Четиридесет мъченици“; Велюшки манастир „Пресвета Богородица Милостива“; Водочки манастир „Свети Леонтий“; Беровски манастир „Свети Архангел Михаил“; Беровски манастир „Успение Богородично“; Дойрански манастир „Свети Партений Зографски“; Новоселски манастир „Св. св. Антоний и Георги“. Хамзалийски манастир „Св. Климент и Наум Охридски“.
Тетовско-гостиварска епархия Манастири Лешочки манастир „Свети Атанасий“, село Лешок, Тетовско;
Бележки