Сао Томе и Принсипи административно е разделена на 2 провинции и 7 окръга.
Провинции Сао Томе Столица: Сао Томе. Провинцията обхваща остров Сао Томе, на който живее 96% от населението на цялата страна - 133 000 души от общо 139 000 души (2004).
Принсипи Столица: Санто Антонио. Тази провинция обхваща по-малкия остров Принсипи. Площта ѝ е около 142 квадратни километра, а населението е около 5400 души.
Окръзи Провинция Сао Томе е разделена на 6 окръга: Агуа Гранде, Кантагало, Кауе, Лемба, Лобата, Ме-Зоши.
Провинция Принсипи включва само седмия окръг: Паге.