GenBank baza podataka sekvenci je otvoreno pristupna, označena zbirka svih javno dostupnih nukleotidnih sekvenci i njihovih proteinskih prijevoda. Proizvodi ga i održava Nacionalni centar za informacije o biotehnologiji (NCBI; dio Nacionalnih instituta za zdravlje u Sjedinjenim Državama) kao dio Međunarodne baze podataka o nukleotidnim sekvencama Saradnja (INSDC).
GenBank i njeni saradnici primaju sekvence proizvedene u laboratorijama širom svijeta od više od 500.000 formalno opisanih vrsta. Bazu podataka pokrenuli su Walter Goad i Nacionalna laboratorija Los Alamosa, 1982. GenBank je postala važna baza podataka za istraživanja u biološkim poljima i rastao je posljednjih godina eksponencijalnom stopom udvostručavajući se otprilike svakih 18 mjeseci.
Izdanje 250.0, objavljeno u junu 2022., sadržavalo je preko 17 triliona nukleotidnih baza u više od 2,45 milijardi sekvenci. GenBank je napravljen direktnim podnošenjem iz pojedinačnih laboratorija, kao i iz masovnih predaja iz velikih centara sekvenciranje.
Prijave GenBank se mogu poslati samo originalne sekvence. Direktno podnošenje se vrši GenBank koristeći BankIt, koji je web-bazirani obrazac, ili samostalni program za podnošenje, Sequin. Po prijemu predaje sekvence, osoblje GenBank-a ispituje originalnost podataka i dodjeljuje pristupni broj sekvenci i vrši provjere osiguranja kvaliteta. Prijave se zatim puštaju u javnu bazu podataka, gdje se unosi mogu pronaći putem Entrez ili preuzeti putem FTP. Grupno slanje eksprimirana oznaka sekvence (EST), lokacija označena sekvencom (STS), sekvenca istraživanja genoma (GSS) i sekvenca genoma visoke propusnosti (HTGS) podatke najčešće dostavljaju veliki centri za sekvenciranje. Grupa za direktno podnošenje GenBank-a također obrađuje kompletne sekvence mikrobnog genoma.
Baza podataka GenBank uključuje dodatne skupove podataka koji su konstruisani mehanički iz prikupljanja podataka glavne sekvence, i stoga su isključeni iz ovog brojanja. +Top 20 organizama u GenBank-u (Izdanje 250) Organizam Bazni parovi Triticum aestivum SARS-CoV-2 Hordeum vulgare ssp. vulgare Mus musculus Homo sapiens Avena sativa Escherichia coli Klebsiella pneumoniae Danio rerio Bos taurus Triticum turgidum subsp. durum Zea mays Avena insularis Secale cereale Rattus norvegicus Aegilops longissima Canis lupus familiaris Aegilops sharonensis Sus scrofa Rhinatrema bivittatum
Također pogledajte Ensembl Referentna baza podataka o ljudskim proteinima (HPRD) Analiza sekvence UniProt Entrez Lista sekvenciranih eukariotskih genoma Lista sekvenciranih arhealnih genoma RefSeq — baza podataka referentnih sekvenci Geneious — uključuje GenBank alat za podnošenje Otvoreni naučni podaci Proteinska banka podataka
Reference
Vanjski linkovi GenBank Example sequence record, for hemoglobin beta BankIt Sequin — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database. EMBOSS — free, open source software for molecular biology GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?
Kategorija:Nacionalni instituti za zdravlje Kategorija:Genetičke baze podataka Kategorija:Baze podataka genoma Kategorija:Bioinformatika Kategorija:Biološke baze podataka