TSR3 ili faktor TSR3 sazrijevanja ribosoma, je hipotetski ljudski protein ćiji je lokus na hromosomu 16. Njegov protein dug je 312 aminokiselina, a njegova cDNK ima 1.214 baznih parova. Ranije je označavan kao C16orf42.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 312 aminokiselina, a molekulska težina 33.596 Da..
1020304050 MGRRRAARGPGAEGGRPRHLPTRSLEAFAEEVGAALQASVEPGAADGEGG PGPAALPCTLAMWELGHCDPRRCTGRKLARLGLVRCLRLGHRFGGLVLSP VGKQYASPADRQLVAQSGVAVIDCSWARLDETPFGKMRGSHLRLLPYLVA ANPVNYGRPYRLSCVEAFAATFCIVGFPDLAVILLRKFKWGKGFLDLNRQ LLDKYAACGSPEEVLQAEQEFLANAKESPQEEEIDPFDVDSGREFGNPNR PVASTRLPSDTDDSDASEDPGPGAERGGASSSCCEEEQTQGRGAEARAPA EVWKGIKKRQRD
Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Funkcija
Funkcija C16orf42 je nepoznata. Predviđa se da je to transmembranski protein, ali ćelijska ili potćelijska membrana u kojoj se nalazi je također nepoznata
Espresija
C16orf42 se ne ispoljava sveprisutno kod ljudi. Najizrazitiji je i u jajnicima, ali uopće nije eksprimiran u krvi, a vrlo malo u mozgu.UniGene Jedan eksperiment s mikro zracima sugerirao je da njegovu ekspresiju u krvi uzrokuje malarija, ali za potkrepljivanje ove tvrdnje potrebno je dodatno eksperimentiranje. Njegova ekspresija u tkivima obično ostaje konstantna i kada je tkivo bolesno. Međutim, kratka analiza njegovih ortologa pokazuje nedosljednosti u ekspresiji po tkivima. To bi moglo biti zbog nedostatka ekspresije kod drugih vrsta.
Struktura
Struktura C16orf42 nije poznata. Predviđa se da ima više regija alfa-heliksa i nekoliko kratkih dijelova beta-lanaca.Biology Workbench It contains a potential metal binding domain between amino acids 60–90. Ima predviđenu molekulsku masu od 33,6 kdal i izoelektričnu tačku 6,496000, što ga čini lagano kiselim. Compared to other human proteins, C16orf42 is high in the amino acids arginine and alanine, and low in the amino acid threonine. Kratka analiza njegovih striktnih ortologa pokazuje da i oni uglavnom općenito imaju visok sadržaj arginina i nizak teonina, kao i u poređenju sa tipskim proteinima u pripadajućim vrstama.
Homologija
C16orf42 se takođe može naći u mnogim drugim organizmima, uključujući sisare, te određene gljive i biljke.NCBI BLink Nijer nađen kod bakterija. C16orf42 je visoko konzerviran u mnogim svojim ortolozima, posebno u ortolozima sisara, čak do 95% identiteta u resus makakima. Također ima prilično visoka konzerviranost u udaljenijim homolozima, 53% identiteta u kukuruzu, naprimjer. Ima jedan potencijalni paralog kod ljudi, protein EGFL6.NCBI BLAST
Analiza ortologa: Rod i vrstaUobičajeno imePristup bazi NCBIDužinaIdentitetSličnostMacaca mulattaRezus makaXP_001088384312 aa95%96%Bos taurusGovedoNP_001092381315 aa82%87%Canis familiarisPasXP_537015312 aa79%85%Equus caballusKonjXP_001915599324 aa78%83%Rattus norvegicusPacovEMD03916324 aa73%80%Mus musculusMišNP_080952323 aa73%80%Gallus gallusChickenXP_414890311 aa63%76%Danio rerioZebricaNP_001002370297 aa62%75%Tetraodon nigroviridisZelens pjrgsvs pufer-ribaCAG04371247 aa62%74%Trichoplax adhaerensTrihoplaksXP_002118089284 aa46%64%Ciona intestinalis Morski mlaz XP_002129931265 aa52%68%Ornithorhynchus anatinusKljunarXP_001517034285 aa74%85%Hydra magnipapillataHidraXP_002161680232 aa55%71%Aedes aegyptiŽuti groznični komaracXP_001654463269 aa52%70%Drosophila melanogasterVinska mušicaNP_650441274 aa54%70%Apis melliferaZapadna medonosna pčelaXP_625167258 aa50%69%Debaryomyces hanseniiMorski kvasacXP_461733333 aa49%64%Aspergillus oryzaeSluzava plijesanXP_001818982374 aa50%69%Saccharomyces cerevisiaeKvasacNP_014648313 aa52%68%Zea maysKukuruzACG47566271 aa53%69%Caenorhabditis elegansObla glistaNP_741332261 aa47%65%
Reference
Dopunska literatura
NCBI Protein. "Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" June 26, 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/47777330 NCBI Nucleotide. "Homo sapiens chromosome 16 open reading frame 42 (C16orf42), mRNA" June 26, 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/48762675 NCBI BLink. "Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/blink.cgi?pid=47777330&ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_SingleReportPanel.Sequence_ViewerPanel.Sequence_ViewerGenbankSidePanel.Sequence_DiscoveryDbLinks.DiscoveryDbLinks NCBI BLAST. "NP_001001410 Hypothetical Protein LOC115939 [Homo sapiens]" http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi UniGene EST Profile. "C16orf42: Chromosome 16 open reading frame 42, mRNA" https://web.archive.org/web/20121114074310/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.134846 Biology Workbench. http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# !]
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika