C9orf135 je gen koji kodira protein sa 229 aminokiselina. Nalazi se na hromosomu 9 genoma Homo sapiens, na poziciji 9q12.21. Protein ima transmembranski domen iz aminokiselina 124-140 i glikozolacijsko mjesto na aminokiselini 75. C9orf135 je dio gena GRCh37 na hromosomu 9 i nalazi se u domenu nepoznate funkcije superporodice 4572. Gen c9orf135 također je poznat pod imenom LOC138255 što je opis lokacije gena na hromosomu 9.1.Result Filters. (n.d.). Retrieved February 07, 2016, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q5VTT2.1 thumb|280px|Lokacija c9orf135 i susjednih gena na hromosomu 9 Postoje neki dokazi koji povezuju gen c9orf135 s preranom insuficijencijom jajnika. Kod oboljelih žena dolazi do autosomno recesivne mikroduplikacije koja može biti povezana s preranom insuficijencijom jajnika. Jedan jednonukleotidni polimorfizam (SNP) gena c9orf135 povezan je sa Parkinsonovom bolešću; statistički značajna mutacija je viđena na Manhattanskom prikazu. Da bi se utvrdilo je li c9orf135 povezan s Parkinsonovom bolešću, potrebna su daljnja istraživanja.
iRNK thumb|280px|Prerađene varijante c9orf135 prema NCBI AceView IRNK c9orf135 je duga 906 nukleotida.NCBI, Nucleotide, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/809279636?report=fasta Neprevedene regije (UTR) 5' i 3' sadrže ukosnice.Sfold, Srna, http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/showcentroid.pl UTR 3' sadrži 123, a 5' UTR 18 nukleotida. Ova iRNK kodira protein sa sekundarnom strukturom sastavljenom i od beta-listova i alfa-heliksa.Iheliks]]a-Tasser, http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
Protein Svojstva c9orf135 Vjerouje ae da je c9orf135 jedarni protein, jer ima svojstva koja odgovaraju atributima jedarnih proteina, a ne onih sa sekretornim putevima.YLoc http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/YLoc/webloc.cgi?id=86ac5008fd25bd20a065f49a970fd19c SOSUI Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins, http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/ Nadalje, postoji signal jedarne lokalizacije (PEKVKKL) između aminokiselina 67 i 73 na c9orf135.PSORT II, PSORT II Prediction, http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl C9orf135 je rastvorljiv sa prosječnom hidrofobnošću od –0,772. Negativna vrijednost hidrofobnosti posljedica je blago kiselih svojstava.
Posttranslacijske modifikacije Mjesta fosforilacija serina nalaze se na pozicijama aminokiselina 7, 50, 86, 98 i 194. Fosforilacija treonina javlja se na 34, 129, 155 i 201. Fosforilacija tirozina pojavljuje se na 78, 160, 177 i 209. Također, mjesto N-terminalne acetilacije prisutno je na aminokiselini 3. Mjesto cijepanja signala prisutno je između aminokiselina 11 i 12.ExPasy, Sibs bioinformatics analysis, http://www.expasy.org/
Interakcija proteina PB2 stupa u interakciju s c9orf135, koji je pronađen u dvohibridnom testu kvasca. Podaci o PB2 (polimerazni osnovni protein 2) su da je to virusni protein koji je uključen u virus influence A. Prvenstveno je uključen u zadržavanje kapiranja, u kojem veže pre-iRNK kapu i na kraju odcijepi 10-13 nukleotida. PB2 je također važan za početak replikacije virusnih genoma. Također je poznato da PB2 inhibira interferon tipa 1, inhibiranjem mitohondrijskog antivirusnog signalnog proteina mitohondrijskog antivirusno-signalnog proteina (MAVS).
Mutacije Identificirano je jedanaest različitih uobičajenih varijanti genomske DNK ljudskog gena c9orf135. Sve mutacije unutar ovih varijanti genoma predstavljene su u sljedećoj tabeli.NCBI SNP Geneview https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?geneId=138255&ctg=NT_008470.20&mrna=XM_011518232.1&prot=XP_011516534.1&orien=forward Mutacije koje su bile prisutne na nivoima od 0,01 ili više učestale su uključene u tabelu; sinonimne mutacije su isključene.
Lokacija Položaj aminokiseline Mutacija Frekvencija 5' UTR 57 N/A 0,386 5' UTR 93 N/A 0,047 5' UTR 138 N/A 0,018 Egzon 169 Misens K30T 0,018 Egzon 237 Misens R53K 0,047 Egzon 456 Misens E126K 0,01
Ekspresija gena Gen c9orf135 je eksprimiran u vezivnom tkivu i tkivu sjemenika na visokim nivoima.EST profile, NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001308086.1 Vjerovatno je da je ekspresija c9orf135 izražena na niskim razinama u ljudskim ćelijama. Također je otkriveno da se c9orf135 nalazi u znatno višim nivoima u pupčanoj vrpci odraslog čovjeka u odnosu na fetusnu ljudsku pupčanu vrpcu.Geo Profile, NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/78193260 Nadalje, kod žena s adenokarcinomom jajnika ekspresija c9orf135 mnogo je veća u epitelnim ćelijama unutar jajnika.Geo profil, epiteli normalne površine jajnika i epitelne ćelije raka jajnika, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS3592:236519_at Žene sa sindromom policistastih jajnika imaju nižu ekspresiju c9orf135 od onih koji nemaju to stanje.Geo Profile, Obese women with polycystic ovary syndrome and obese, healthy women: skeletal muscle, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS4133:243610_at
Količina aminokiselina Ovdje je opisano poređenje između c9orf135 iz Mus musculus (kućni miš) i Pteropus alecto (šišmiša crna leteća lisica). Nije bilo značajnih aminokiselina koje su se razlikovale u c9orf135 od ostatka mišjeg tijela. Međutim, kod crne leteće lisice bio je siromašan valinom i bogat triptofanom. Kao što se vidi iz rezultata kod ljudi, crna leteća lisica dijelila je samo višak triptofana. Kućni miš i crna leteća lisica korišteni su zato što dijele 64% odnosno 79% sličnosti u genomu c9orf135. Analiza pokazuje da bi alanin i tirozin mogli biti predviđene interesne tačke, jer su oba imala rezultate koji se razlikuju od ostatka prosjeka ljudskih gena.SDSC Biology Workbench, SAPS, http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# !
Aminokiselina od interesa Sastavni postotak Poređeno sa normalnom količinom proteina kod H. sapiens Alanin 3,1% Potprosječan Tirozin 5,2% Natprosječan Triptofan 3,1% Natprosječan
Homologija Gen c9orf135 je konzerviran u eukariota, u rasponu od sisara, gmizavaca i Annelida.
Ortolozi Ortolozi c9orf135 su sekvencirani u BLAST-u i odabrano je 20 ortologa. Svi su bili kod višećelijskih organizama i bili su ograničeni na vodene životinje, gmizavce, vodozemce i toplokrvne životinje. Također, protisti, bakterije, arheje i gljive nisu imali ortologe. Međutim, sekvenciranjem c9orf135 u BLAST-u, nisu pronađeni paralozi. Za potpunu listu ortologa na c9orf135 pogledati tabelu. Vremenako stablo (datiranja) je bio program koji je korišten za pronalaženje evolucijskog grananja prikazanog u milionima godina. There were no paralogs found for c9orf135. Rod/vrstaUobičajeno ime Divergencijs od ljudi (milioni godina) Pristupni broj Dužina (aminokiselina) Identitet sekvence Sličnost sekvence Homo sapiens Čovjek -- Q5VTT2 229 -- -- Pongo abelii Sumatranski orangutan 15,8 XP_002819904 206 86% 87% Rhinopithecus roxellana Zlatni nosogrbi majmun 29.1 XP_010361250 229 93% 95% Mus musculus Kućni miš 90.9 EDL41604 228 64% 73% Pteropus alecto Crna leteća lisica 97,5 XP_785964 230 79% 86% Equus przewalskii Konj Przewalskog 97,5 XP_008504806 183 77% 86% Panthera tigris altaicaSibirski tigar 97,5 XP_007077537 187 73% 83% Ovis aries Ovca 97.5 XP_014948670 207 69% 77% Elephantulus edwardii Kapasta slonovska verirovka 105 XP_006894485 254 72% 82% Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača 320,5 XP_006137902 217 55% 68% Gekko japonicus Gekon 320,5 XP_015275999 221 52% 64% Alligator mississippiensis Američki aligator 320,5 XP_014464144 212 51% 64% Ophiophagus hannah Carska kobra 320.5 ETE61720 215 43% 59% Salmo Salar Atlantski losos 429,6 XP_013998840 99 34% 55% Esox lucius Sjeverna štuka 429.6 XP_010901691 154 30% 47% Branchiostoma floridae Kopljača 733 XP_002591786 221 45% 59% Strongylocentrotus purpuratus Morski jež 747,8 XP_785964 241 47% 62% Saccoglossus kowalevskii Žirnjsčka glista 747,8 XP_002733410 153 38% 58% Lingula anatina Okeanska školjka 847 XP_013398605 220 43% 59% Crassostrea gigas Pacifička ostriga 847 XP_011426944 215 40% 57% Helobdella robusta Pijavica 847 XP_009019861 256 29% 44%
Divergenija c9orf135 Na grafikonu je prikazano poređenje divergencije c9orf135 s brzodivergirajućim citohromom C i sporodivergirajućim fibrinogenom. Sve u svemu, c9orf135 je značajno brže divergirao od fibrinogena i nešto sporije od citohroma C. thumb|280px|center
Također pogladajte Hromosom 9
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 9 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika